中藥細胞破壁機的工作原理，在磨筒（粉碎室）中裝填一定數量的研磨介質，如硬質材料的球、棒或柱，磨筒在外加激振力的作用下產生的順逆時針方的圓振動。磨筒的強烈振動使磨筒內介質產生拋擲運動，在此拋擲運動的作用下，使每個介質都產生了與圓振動同向的旋轉運動，與此同時，介質群也產生3-5周與圓振動反向的低頻公轉運動。于是介質時而散開，時而互相沖撞，對物料產生的正向沖擊力p和側向剪切力L。物料在P、L作用力的撞擊、壓縮和剪切作用下被研細、破壁粉碎。